

如前所述,在武昌起義之後,已宣佈獨立的十五個省分中間,多數是以自上而下反正的形式倒向革命,希望袁世凱也循著這條已經走通的路走,在多數人的眼裏,這似乎是一種無法阻擋的歷史前進的慣性。 囙此在當時的情况下,就連革命黨中的中堅分子都傾向主張和議,黃興曾說:「如果和議不成,口八有割腹以謝天下。」
在革命的上層領導人中間堅決反對和議的只有祖父一個人。 胡漢民回憶說:「先生始終不願妥協,而內外負重要責任之衕誌,則悉傾向於和議,大抵分為三派之說。其持中國固有之宗法倫理思想者指黃興,則日:『名不必自我成,功不必自我立,其次亦功成而不居。』其持歐西無政府主義者,則日:『權力為天下之罪惡,為政權而延長戰爭,更無可以自如心。』當南北爭持至烈時,李石曾以長電駁詰南京政府,一若只須清帝退位,吾人即萬事不宜深問者。其僅識日本倒幕維新者指宋教仁,即日:『武裝革命之時期已過,當注全力以爭國會與憲法,即為鞏固共和,實現民治之正軌。』餘集諸人意見,以陳於先生。 先生此時,亦不能不委屈以從舉議。」
當時汪精衛主外,在談判雙方中間極力斡旋,而胡漢民主內力勸祖父同意和議。 胡漢民後來講:「餘與精衛二人,可雲功之首,而罪之魁!」
祖父最後終於同意妥協的原因,據胡漢民等人回憶,除了黃興、宋教仁、汪精衛、胡漢民都主張和議之外,也由於黎元洪和袁世凱有了默契,主張和解,祖父在回國之前和議已成事實,各省的代錶已經決議袁世凱一旦反清,大總統的職位即讓給他,而和議在參議院也是多數意見; 當時人心厭戰,希望和平,而不考慮可能造成的嚴重後果。
而且那時袁世凱的本質沒有暴露出來,說服教育革命黨和群眾都難以奏效,封锁和議已近乎不可能,一味豎持,還可能引起革命隊伍內部的分裂; 再有就是參議院反對借款,財政困難,軍需用款沒有著落。 迫於以上種種原因,祖父最終放弃了堅持北伐的主張。
祖父的理想很高,他總是縱觀長遠,橫顧全域,對中國當時革命的狀況有著極準確的洞察和深刻的見地,他的見解走在革命實踐的前面。 祖父堅決反對和議,但當時祖父近乎孤立,因為他周圍的人,速沒有人能够達到祖父的思想及理論高度,他們的政治、理論素養和祖父有很大的距離,不理解祖父的反對和議徹底革命的主張,他們只為某些局部的情形所誘導,如許多省都是靠自上而下的反正倒向革命一邊,而對革命的本質,對祖父的三民主義的主張缺乏深刻的理解。 祖父曲高和寡,為了革命的長遠利益,只好去遷就大多數人,讓革命實踐去教育革命者。
祖父在給南洋衕誌的信中也說:「如南京政府之際,弟忝為總統,乃同木偶,一切皆不由弟主張。」可知祖父當時在臨時政府中處境之難。
祖父在他後來的《中國革命史》等書中講到了那時的情况,說明了當時大多數人不接受他的三民主義主張和實現三民主義所應採取的革命的步驟。
祖父說:「革命方略規定革命之進行為三:第一軍政時期,第二訓政時期第三憲政時期。此為蕩滌舊汚,促進新治,所必要之歷程,不容一缺者也不幸辛亥革命之役,忽視革命方略,置而不議,格而不行;於是根本錯誤枝節橫生,民國遂無所恃以為進行,此真可為太惜痛恨者也。」
雙方和議代表開始商討清廷退位後的優待辦法,唐紹儀讓伍廷芳轉告南京政府,要求在清廷退位之後的兩天內,解散南京政府。
祖父識破了袁世凱的陰謀,他的對策極為嚴正,命令伍廷芳給袁世凱去電,明確了四條,一、清帝退位,放弃一切主權; 二、清帝不得干預臨時政府組織之事,三、臨時政府地點須在南京,四、孫總統須俟列國承認臨時政府,國內改革成就,和平確立,方行解職,袁世凱在孫總統解職以前,不得干預臨時政府切之事。
但由於受到了黨內和議主張的困擾,祖父不得已又作了修正,其中有袁世凱必須宣佈絕對贊成共和,然後由參議院推為總統。